尔时，元始天尊在玄都大治元阳上观七宝华林紫琼宫内，太上道君与十方圣众、诸天真仙、三界帝王、一切天神龙鬼应受度者，无鞅之众，登真一位，得无为心，同会其所。玄都宫观皆以金银、琉璃、珊瑚、琥珀、真珠、碧玉种种装饰，光明赫弈，映照内外。列座众真，不能名目；自然祥瑞，表见尊前。天雨宝花，散满于地；灵钧雅乐，不鼓自鸣。百和神香，芬馥流缢。尔时，四座咸起惊疑，默念思惟，莫能先问。
天尊抚几，杜彼机缘，入慧观门，示无为道，思念万兆禀受之初，乃发鸿音，告四众曰：汝等男女，本地身心，悉皆清静，实相不动，始终恒一，犹如虚空，来去无碍，离于受染，绝诸爱想，正性湛然，本无生灭。但以颠倒，随业受形，譬如明珠，恒埋粪壤，历劫隐蔽，不睹其光。汝等男女，将来众生，执虚假身，迷真实道，造颠倒业，积邪伪尘，埋智慧珠，聚愚痴垢，堕生死海，溺贪爱流，居五欲场，处四魔境，有惑烦恼，结缚身心，随业转轮，三涂五道，荫盖正性，沉没玄珠，翳本光明，亦复如是，轮回生死，无解脱期。是故我今开发妙门，令汝得悟。汝等四众，以本分力，汲道性水，采无为香，调智慧汤，居清净室，为诸众生除根叶秽，洗虚妄尘，令入慧门，观于实相。烦恼漏累，毕竟消除。洞照一乘，深明二际。还源反本，复我清虚。得道自然，永无流转。尔时，大众闻是说已，敬奉思惟，心开意解，欢喜踊跃，稽首道前，长跪颂曰：
元始无上大慈尊，善说众生邪倒业。诸法妙本常清诤，动则沉沦经万劫。
妄想既植贪痴根，随根即生烦恼叶。花叶繁滋弥世界，善恶输回互重叠。
狂迷竞贪邪伪果，子果不绝但相接。烦恼垢重覆明珠，身心臭秽乖清净。
示我汲引道性水，洗涤千邪归一正。平等清净智慧汤，荡除痴垢开真性。
有缘速入正观室，无为香水澄如镜。能照去来邪倒业，洗涤贪嗔师戒定。
心垢恼病豁已除，各复真根归慧命。慈尊所说叵思议，我等稽首咸恭敬。
尔时，会中有一真人，名曰法解，即从座起，整顿衣巾，手执香鑪，从容雅步，怡神息虑，摄念安心，长跪道前，白天尊曰：臣等有幸，得预斯会。侍座以来，未闻此说。四众心识，犹自蒙昧。特乞神尊，赐垂训谕。唯愿哀原，愍所不逮。
于是，天尊抚几微笑，答法解曰：善哉男子，汝能于此法会为决疑悟，末世众生，真所荷赖。于汝功德，更复增高。有所不了，恣汝等问，勿怀疑惑，封执之心。法解承恩，稽首问曰：众兆愚痴，随业生灭，垢秽深重，迷惑缠身。今调法汤，建清净室，洗涤罪根，消除体秽。未审仪轨，其事云何？
天尊答曰：善男子，汝等常用月十直日，以上善水，调法香汤，于净室中，正念安坐，先观身心，垢秽聚积，无量迷惑，共成此身。外内贪痴，粗细不净，生老无常，众苦结缚。三业障道，六尘覆心，如弥天云，翳明盛日。作是念已，以法香汤，先从皮肤，四支五体，六根九窍，次第灌洗，悉令清净。外清净已，复以静观，薰修心惑，一切烦恼，妄想执计，贪嗔痴垢，普令清静。内外既净，住法身心，常居道场，断邪伪垢，是名法汤涤除之要。众真闻说，咸皆赞叹，弹指忏悔，同声称善。
尔时，真人以宿命通，得他心智，照知末劫有等众生，心识闇昧，于法未了。是故乘机稽首进问：不审今会演说是经，以何名曰修持供养功德，云何假有之身既蒙开度，真无之识亦获福乎？臣等肤愚，忝居真位，于斯义趣犹自未通。唯愿神尊特垂开示，降甘露雨，遍洒人天；垂智慧云，广覆无外。
尔时，天尊欢喜答曰：异哉，真子得宿命通，了他心智，悟一乘道，达三世机，能为将来致殷勤请。我今具说，汝当谛听。众生性相，皆悉是空，暂寄有形，终归坏灭。不住三世，岂系一身？能体有空，自当无假。有空无假，何藉资凭？真了当知假有之身，必须修习。在生如是，处死亦然。凡人寿终，识居中荫，善业资助，必获上生。是其家人，及诸同学，当为作福，种种装严，建大宝坛，悬诸幡盖，修斋愿念，讲诵是经，烧香然灯，照烛幽夜，拔其苦爽，令睹光明；无为法汤，涤除纷秽；神识绝净，乃得升天，反彼清虚，归自然域。是经功德，不可格量，犹如虚空，难以量度。若有抄写，供养受持，此人即得妙本澄清，身心洁白，获报无量，等彼微尘。故名《玄都妙本清净身心》。汝辈四众、善男女等，当知此经，济度法中最为第一，禳灾法中最为第一，修习法中最为第一，无为法中最为第一，智慧法中最为第一，观行法中最为第一。此经微妙，不可思议，于余法中无不第一。我昔过去，与诸天尊之所奉行，而得成道。汝宜宝秘，慎勿轻传。若得其人，当须授受，烧香誓愿，顶戴奉持。十方天尊，必记汝等。于是青华童子、丹元真人、素光玉女、玄宫使者、黄中大神，率其官属三十六人，备卫灵文，保护于汝。汝能于此静心习诵，存念形神，日夜精思，不辞劳倦，即得三宫明净，六识清虚，十转业成，五神依止，无为大道，发尔身心，一切群魔，自然消伏。作是说已，是诸男女，并皆欢喜。
天尊俄然瞑目高抗，四众瞻仰，无敢谘询，叉手道前，而作颂曰：
妙本常清净，身心无垢腻。众生习业人，迷惑怀疑贰。是故感慈尊，为明权实义。一相度黎元，真为平等语。垢秽既以除，烦恼自然离。负荷匠成德，飞步玄都治。
尔时，众圣说此颂已，于是天尊怡然含笑，即吐五色微妙神光，彻照诸天福堂及九幽长夜地狱，四座男女乘此神光，悉睹诸天诸地罪福报对，如观指掌，了了分明，咸皆一心归命，忏谢宿根业累、即世深殃，愿拔众生离诸苦恼。天尊慈愍，感彼众心，乃振威神，弹指叩齿，应时地狱悉得闲宁，饿鬼囚徒俱升道境。宝光收照，法界犹明。林木山川，缅然平等。祥风鼓吹，慧日流光。预法会中，并加真位。十方众圣、三界人天种种群生，皆蒙利益，稽首作礼，依教奉行。
太上玄都妙本清静身心经终